Prestação de Contas Anual
Como decorrência do disposto no art. 70 da Constituição federal de 1988, qualquer pessoa física ou jurídica, pública ou privada, que utilize, arrecade, guarde, gerencie ou administre dinheiros, bens e valores públicos ou pelos quais a União responda, tem a obrigação de prestar contas aos órgãos de controle e à sociedade.
Assim, todas as entidades da Administração Pública Federal, devem apresentar suas prestações de contas anuais, cujo processo é composto pelo Relatório de Gestão, e outros documentos de controle da gestão, inclusive, pelo Certificado de Auditoria de Gestão - emitido pela Controladoria-Geral da União (CGU), após a Auditoria de Gestão das Contas no FNDE. O processo é julgado pelo Tribunal de Contas da União (TCU), por meio de Acórdãos.
O status do acompanhamento das contas do FNDE junto ao TCU pode ser consultado na tabela abaixo, não obstante, também estejam disponíveis para consulta pública em www.tcu.gov.br.
Prestação de Contas Ordinária
| Processo TCU | Exercício | Data da Aprovação | Data da Publicação | Acórdão de Julgamento |
| 036.090/2019-0 | 2018 | - | - | Sobrestado pelo Acórdão 2065/2021 - 1ª Câmara |
| 039.769/2018-6 | 2017 | - | - | Sobrestado pelo Acórdão 9595/2020 - 1ª Câmara |
| 028.540/2017-4 | 2016 | - | - | Sobrestado pelo Acórdão 10023/2020 - 2ª Câmara |
| 029.092/2016-7 | 2015 | 04/08/2020 | 07/08/2020 | 8117/2020 - 2ª Câmara |
| 035.899/2015-8 | 2014 | 29/10/2019 | 27/11/2019 | 12749/2019 - 1ª Câmara |
| 023.014/2014-8 | 2013 | 01/12/2015 | 15/12/2015 | 7790/2015 - 1ª Câmara |
| 022.296/2013-1 | 2012 | 04/11/2014 | 10/11/2014 | 6337/2014 – 2ª Câmara |
| 043.785/2012-3 | 2011 | 23/06/2015 | 10/07/2015 | 3396/2015 – 2ª Câmara |
| 024.956/2011-2 | 2010 | 07/04/2015 | 15/04/2015 | 1384/2015 - 2ª Câmara |
| 028.323/2010-6 | 2009 | 18/02/2014 | 21/02/2014 | 502/2014 - 2ª Câmara |
| 015.219/2009-3 | 2008 | 10/09/2013 | 13/09/2013 | 5398/2013 - 2ª Câmara |
| 018.001/2008-3 | 2007 | 13/07/2010 | 19/07/2010 | 3653/2010 - 2ª Câmara |
| 020.443/2007-4 | 2006 | 06/04/2010 | 09/04/2010 | 1465/2010 - 2ª Câmara |
| 018.722/2006-5 | 2005 | 06/05/2008 | 09/05/2008 | 1399/2008 - 1ª Câmara |
| 013.526/2005-2 | 2004 | 07/08/2007 | 10/08/2007 | 2188/2007 - 1ª Câmara |
| 007.849/2004-0 | 2003 | 11/10/2005 | 18/10/2005 | 1985/2005 - 2ª Câmara |
| 011.175/2003-0 | 2002 | 24/05/2005 | 01/06/2005 | 823/2005 - 2ª Câmara |
| 009.569/2002-9 | 2001 | 25/05/2004 | 20/06/2004 | 1285/2004 - 1ª Câmara |
| 009.086/2001-4 | 2000 | 25/05/2004 | 02/06/2004 | 1284/2004 - 1ª Câmara |